Su adhesión al nuevo régimen se vio reflejada en el oficio que envió el mayor graduado Pedro José Benavente, comandante del Cuerpo de Dragones Veteranos, acantonados en Los Angeles, en respuesta a la nota enviada por el Conde de la Conquista, el 19 de septiembre desde Santiago, en la que pide el reconocimiento de esas tropas a la Junta de Gobierno, instalada en la capital. Revestía especial importancia la adhesión de las tropas de Los Angeles, por ser esta la principal plaza militar del sur. A pesar que el total de sus fuerzas no pasaba de mil hombres, era un lugar apto para la formación de nuevos cuerpos de tropas.
Desde esta época y hasta su heroica actuación en Tarpellanca, Andrés de Alcázar viviría prácticamente empuñando su espada, montado a caballo, junto a los ríos, bosques y montañas de su Patria.
Su primera campaña bajo la Junta de Gobierno criolla sería en auxilio de los patriotas de Buenos Aires, amenazados por una invasión realista en 1811.
En Concepción se preparó un cuerpo de 200 infantes y 100 dragones de la Frontera, que partió hacia el Atlántico al mando del teniente coronel graduado Pedro A. del Alcázar. El citado destacamento, denominado Tropas Disciplinadas, efectuó una notable marcha vía Santa Rosa de Los Andes, Mendoza, Buenos Aires, llegando a este último punto a mediados de 1811. Entre los 27 oficiales chilenos que iban en la expedición, figuraban un futuro Presidente de la República, el entonces capitán Joaquín Prieto Vial, y el capitán Manuel Bulnes, padre del Presidente de igual nombre.
Las fuerzas de Del Alcázar prestaron servicios en Buenos Aires, de diferente índole, solidarizando con las tropas de la guarnición militar, en la revolución del 8 de octubre de 1812.
En abril de 1813, el comandante Alcázar solicitó de las autoridades de las provincias Unidas del Río de la Plata la autorización para regresar a Chile, toda vez que se gestaban importantes acontecimientos independentistas.
El 18 de abril, las "Tropas Disciplinadas" salieron de Buenos Aires, cruzaron la Cordillera a fines de mayo y entraron en Santiago el 4 de junio, siendo entusiastamente recibidas por el pueblo y las autoridades. Tres días más tarde la Junta de Gobierno envió una efusiva nota por los servicios prestados por Del Alcázar. Este, en su respuesta, agradece en su nombre y en el de su gente y ofrece su concurso, manifestando su ansiedad de "poder recoger siquiera una rama de los laureles que sus compañeros comenzaban a reunir en el sur de Chile".
La Junta de Gobierno dispuso que las tropas de Alcázar se trasladaran a Valparaíso, de donde, después de una corta permanencia, fueron enviadas a Talca. Al organizarse la División Auxiliar, las tropas de Del Alcázar pasaron a formar parte de ella. De esta División se destacó una fuerza de 800 soldados, seis cañones y dos culebrinas, que partiendo de Talca, al mando del Coronel Marcos Balcarce, ocupó sucesivamente Longaví, Cauquenes y Quirihue.
En el combate sobre los Cerros de Cucha-Cucha (23. II. 1814), Alcázar actuó como segundo del Brigadier Juan Mackenna contra la División realista Urrejola.
Posteriormente, volvió Alcázar a descollar en la brillante victoria del Brigadier Juan Mackenna en Membrillar (20. III. 1814).
Producida la invasión de reconquista del Coronel Mariano Osorio, se unieron los chilenos ante el peligro común, pero era ya demasiado tarde.
Sobrevino el desastre de Rancagua (1 y 2.X.1814), donde el coronel Alcázar luchó fusil en mano y codo a codo con los heroicos defensores de la Patria Vieja. Fue uno de los que sableando y saltando por encima de los morriones de los soldados de Rodríguez Ballesteros, Montoya, Maroto y Elorreaga, se abrió paso hacia la cuesta de Chada.
En el éxodo a Cuyo, allí estuvo Alcázar, en la retaguardia, protegiendo la retirada por las cumbres andinas.
En Mendoza, tomó parte en la preparación e instrucción del Ejército de los Andes hasta que, al frente de su destacamento, cruzó la cordillera con destino al terruño, en enero de 1817.
Después de la Batalla de Chacabuco (12.II.1817) permaneció en Santa Rosa de Los Andes, organizando un batallón de infantería que propuso crear con contingente de la subdelegación de Aconcagua. De esta manera nació el "Batallón Número 1 de Infantería de Chile", cuya organización de detalle y mando quedó a cargo del Coronel Juan de Dios Vial Santelices, en la villa de San Felipe.
Entre el lapso de las Batallas de Chacabuco y Maipú, participó en el sur del país en la campaña contra las fuerzas del coronel José Ordóñez que, aliado con los mapuches, se había impuesto la misión de mantener las armas españolas en las plazas de Concepción y Talcahuano.
Durante esta guerra de guerrillas, Alcázar fue sitiado por los indígenas en Nacimiento, manteniéndose en su reducto hasta que fue auxiliado por patriotas al mando de su sobrino, el capitán Agustín López Alcázar (18. X. 1817).
El 15. XI. 1817, volvió a ser atacada la plaza de Nacimiento, donde montaba guardia permanente el coronel Alcázar, por las montoneras realistas y escuadrones araucanos. Por dos días se mantuvo firme en sus posiciones hasta que pasó al contraataque, consiguiendo romper el sitio y poner en fuga al enemigo.
En Maipú (5. IV, 1818), tomó parte brillante en la victoria, que habría sido decisiva si el General San Martín hubiese ordenado una tenaz persecución.
